Výskumné aktivity Oddelenia potravinárskej technológie sa orientujú na: chémiu lipidov a technológiu tukov, prírodné antioxidanty, chémiu tenzidov a technológiu detergentov, kozmetológiu a bytovú chémiu, hygienu a sanitáciu v potravinárskom a kozmetickom priemysle, chémiu, technológiu a mikrobiológiu mlieka a mliečnych produktov, chémiu a technológiu cereálií, chémiu a technológiu mäsa, chémiu sacharidov a technológiu výroby cukru, inovatívne technológie vo výrobe cukroviniek a čokolády, vývoj nových analytických metód na určenie prirodzených a nepôvodných zlúčenín prítomných v potravinách, biokonzerváciu zeleniny, autentifikáciu potravinárskych výrobkov a surovín, vývoj nových druhov funkčných potravinových produktov.

Výskumná činnosť zahŕňa aj riešenie projektov ako napr. Biodiverzita a antimikrobiálny potenciál divokých kyslomliečnych baktérií a ich dopad na technologický proces a ľudské zdravie, Implementácia smernice OECD/WHO/Európskej komisie pri hodnotení kožného prieniku zdravotne rizikových endokrinne disrupčných zlúčenín.