Európska komisia je výkonným orgánom EÚ a zastupuje záujmy Únie ako celku. Výrazom Komisia sa zvykne označovať kolégium komisárov, ako aj samotná inštitúcia. Hlavné sídlo Komisie sa nachádza v Bruseli ale úrady, tzv. zastúpenia EK, sú vo všetkých členských štátoch EÚ.

Medzi hlavné úlohy Komisie patrí:

• určovať ciele a prioritné činnosti
• navrhovať právne predpisy a predkladať ich na schválenie Parlamentu a Rade
• riadiť a implementovať politiky a plniť rozpočet EÚ
• presadzovať právne predpisy EÚ (spolu so Súdnym dvorom)
• zastupovať EÚ na medzinárodnej scéne (napr. pri vyjednávaní obchodných dohôd medzi EÚ a inými štátmi)

Komisia je organizačne rozdelená na niekoľko útvarov a služieb. Útvary sú známe ako generálne riaditeľstvá. Generálne riaditeľstvo pre Výskum a Inovácie má na starosti tvorbu a implementáciu európskej výskumnej a inovačnej politiky s cieľom zabezpečiť napĺňanie cieľov stratégie Európa 2020 a programu Inovácia v Únii.