Fakulta pokrýva komplexne oblasť informatiky a informačných technológií vo výskume a vzdelávaní.

Organizačnú štruktúru tvoria Ústav aplikovanej informatiky, Ústav informatiky a softvérového inžinierstva, Ústav počítačových systémov a sietí.

Hlavnými oblasťami výskumu fakulty sú oblasti ako metódy a prostriedky tvorby bezpečnosti a správy sieťových a mobilných počítačových systémov, sprístupňovanie, analýza a prezentácia informácií a znalostí v internetovom prostredí pomocou moderných softvérových nástrojov, spracovanie informácií v distribuovanom prostredí inteligentných agentov, metódy a prostriedky tvorby softvéru, využitie počítačovej grafiky v systémov virtuálnej reality a v systémoch obohatenej reality, neurónové siete s echo stavmi a rekurentné neurónové siete, atď. Súčasťou výskumu sú aj projekty ako napríklad Pokročilé metódy v evolúcii softvéru: varianty, kompozícia a integrácia či Optimalizácia návrhu nízkopríkonových digitálnych a zmiešaných integrovaných systémov.