Štruktúru fakulty tvorí sedem katedier.

Sú to tieto katedry: Katedra biometeorológie a hydrológie, Katedra biotechniky zelene, Katedra krajinného inžinierstva, Katedra krajinného plánovania a pozemkových úprav, Katedra ovocinárstva, vinohradníctva a vinárstva, Katedra zeleninárstva, Katedra záhradnej a krajinnej architektúry.

Súčasťou výskumu falukty je Centrum medzinárodných programov a programov celoživotného vzdelávania (CIPLA).