Výskumná činnosť fakulty spočíva okrem výskumu aj v riešený národných i medzinárodných projektov ako napríklad On What There Is: Varieties of Realism and Their Influence on Science-Religion Dialog.

Fakulta pozostáva z týchto pracovísk - Inštitút Andreja Radlinského v Dolnom Kubíne, Inštitút Juraja Páleša v Levoči, Inštitút Štefana Nahálku v Poprade, Inštitút Viktora Trstenského v Starej Ľubovni, Ústav biológie a ekológie, Ústav ekonomických vied, Ústav geografie a regionálneho rozvoja, Ústav historických vied a praktickej teológie, Ústav hudobného umenia, vedy a sakrálnej hudby, Ústav matematiky, fyziky a informatiky, Ústav práva a kanonického práva, Ústav predškolskej a elementárnej pedagogiky, Ústav rusko-slovenských kultúrnych štúdií, Ústav sociálnych vied, Ústav špeciálnej pedagogiky, Ústav špeciálnej chémie, Ústav talianskeho jazyka a kultúry / Istituto di Lingua e Cultura Italiana, Kabinet pedagogickej praxe, Katedra biológie a ekológie, Katedra cudzích jazykov a všeobecného základu, Katedra chémie, Katedra fyziky, Katedra geografie, Katedra hudby, Katedra informatiky, Katedra katechetiky a praktickej teológie, Katedra liečebnej pedagogiky, Katedra manažmentu, Katedra matematiky, Katedra misijnej a charitatívnej činnosti, Katedra pedagogiky a psychológie, Katedra predškolskej a elementárnej pedagogiky, Katedra predškolskej a elementárnej pedagogiky sociálne znevýhodnených skupín, Katedra reštaurovania, Katedra ruského jazyka a kultúry, Katedra sociálnej práce, Katedra špeciálnej pedagogiky, Katedra špeciálnej pedagogiky a pedagogiky mentálne postihnutých, Katedra talianskeho jazyka a literatúry/ Cattedra di lingua e letteratura italiana, Katedra telesnej výchovy a športu, Katedra verejnej správy a sociálnych služieb, Katedra vychovávateľstva, Katedra výtvarného umenia.