Zoologický výskum sa orientuje na populačnú ekológiu a ekológiu spoločenstiev vodných a pôdnych bezstavovcov, lietajúceho hmyzu a stavovcov.

Výskum tiež prebieha na úrovni systematiky a taxonómie bezstavovcov. Medzi hlavné oblasti výskumu patrí taxonomické štúdium a ekológia čeľade Moinidae (Cladocera) a rodu Niphargus (Amphipoda). Ďalej ide o štúdium diverzity a ekológie pôdnych a jaskynných článkonožcov (Arthropoda) krasových oblastí Západných Karpát so zvláštnym zreteľom na skupiny Acari (Oribatida), terestrické Isopoda, Myriapoda (prevažne Chilopoda a Diplopoda) a Collembola.

Súčasťou výskumu Katedry sú aj projekty ako Dlhodobá sukcesia spoločenstiev pôdnych článkonožcov (Arthropoda) na vetrom poškodených plochách ihličnatého lesa vo Vysokých Tatrách či Populačná biológia a ekológia podkovára južného (Rhinolophus euryale; Mammalia: Chiroptera) na okraji areálu.