Výskum na Oddelení NMR a hmotnostnej spektrometrie sa sústreďuje na: in vitro a in vivo štúdium metabolizmu použitím NMR, štúdium štruktúry a chemických interakcií prirodzených a syntetických zlúčenín použitím NMR a MS.

Súčasťou výskumnej činnosti oddelenia je aj projektová činnosť. Napr. projekty Vývinová neurotoxicita venlafaxínu: experimentálna štúdia neurobehaviorálneho vývinu a neuroendokrinných odpovedí, Účinok pyridoindolových derivátov v podmienkach experimentálneho modelu neurodegenerácie či Živá / radikálová polymerizácia: Optimalizácia polymerizačného procesu pre prípravu dobre definovaných polymérov s cielenou architektúrou a vlastnosťami.