Výskumné aktivity Oddelenia biochemickej technológie sa orientujú na:  technológiu výroby piva, vína, etanolu a mikrobiálnej biomasy, kvasnú výrobu organických kyselín, tukov, pigmentov a biotransformáciu sacharidov, environmentálnu biotechnológiu s dôrazom na mikrobiálny rozklad znečisťujúcich látok (polutantov), bioremediáciu, biokonverziu a biotransformáciu s dôrazom na výrobu vôní a senzoricky aktívnych zlúčenín, biopalivá, proteomiku a enzýmové inžinierstvo, imobilizované produkčné systémy, technológiu rekombinantnej DNA, nadprodukciu sekundárnych metabolitov využívaných vo farmácii a medicíne, medicínske inžinierstvo a bioinžinierstvo, laboratórne procesy „scale up“.

Výskumná činnosť zahŕňa aj riešenie projektov ako napr. Produkcia aromatických látok kvasinkami – nové biokatalyzátory a nové molekulové mechanizmy, Biodegradácia a bioremediácia perzistentných a toxických organických chlórovaných prioritných látok - kontaminantov pôd, sedimentov a vôd či Biotechnologické zhodnotenie domácich poľnohospodárskych zdrojov na bioprodukty s cielenými nutričnými a funkčnými vlastnosťami.