Výskum ústavu je zameraný na teoretické, metodologické a koncepčné problémy prognózovania vývoja slovenskej spoločnosti v národnom i svetovom kontexte, sociálno-ekonomickú dimenziu globálnych environmentálnych zmien a koevolúciu inštitucionálnej a technologickej zmeny.

Počas svojej existencie získal ústav viacero medzinárodných projektov (napr. PHARE, COST, UNESCO-MOST, 5 RP, 6 RP), ktoré významne ovplyvnili profiláciu činnosti ústavu, predovšetkým na interdisciplinárny výskum spoločenských aspektov ochrany životného prostredia a regionálneho rozvoja.

Na základe skúseností získaných počas riešenia a koordinácie medzinárodných projektov, pôsobí od roku 2008 na Prognostickom ústave medzinárodné výskumné Centrum transdisciplinárnych štúdií inštitúcií, evolúcie a politík (CETIP). Od mája 2009 zahájilo činnosť Centrum pre rozvoj sídelnej infraštruktúry znalostnej ekonomiky.

Ústav vydáva časopisy Prognostické práce a je i naďalej spoluvydavateľom CC periodika Ekonomický časopis.

V prípade záujmu o spoluprácu, kontaktujte Kanceláriu pre transfer technológií, poznatkov a ochranu duševného vlastníctva Slovenskej akadémie vied.