Lekárska fakulta bola založená v roku 1919.

Štruktúru fakulty tvoria Anatomický ústav, Fyziologický ústav, Imunologický ústav, Mikrobiologický ústav, Ústav cudzích jazykov, Ústav epidemiológie, Ústav farmakológie a klinickej farmakológie, Ústav histológie a embryológie, Ústav hygieny, Ústav lekárskej biológie, genetiky a klinickej genetiky LF UK a UN Bratislava, Ústav lekárskej fyziky, biofyziky, informatiky a telemediciny, Ústav lekárskej chémie, biochémie a klinickej biochémie, Ústav molekulárnej biomedicíny, Ústav patologickej anatómie, Ústav patologickej fyziológie, Ústav sociálneho lekárstva a lekárskej etiky, Ústav súdneho lekárstva, Ústav telesnej výchovy a športu.

Vzdelávacie, vedecko-výskumné a terapeuticko-preventívne aktivity sú zastúpené na základných pracovných miestach. Fakulta pozostáva z 18 teoretických ústavov (a 53 kliník, ktoré sú v zdravotníckych zariadeniach Univerzitnej nemocnici Bratislava, a jej pracoviskách).

V súčastnosti sú na Lekárskej fakulte dva doktorské študijné odbory - všeobecné lekárstvo a zubné lekárstvo. Fakulta rieši projekty pod záštitou Centra Projektovej Podpory, Grantov UK 2010m KEGA, VEGA, APVV, Ministerstva zdravotníctva, Medzinárodných projektov a iných.