Na fakulte sa vyprofilovalo šesť komplexných výskumných oblastí.

Tie sa zaoberajú témami ako problematika respiračného systému v zdraví a chorobe, starostlivosť o matku a dieťa, problematika zhubných nádorových ochorení, problematika ochorení centrálneho a periférneho nervového systému, problematika vybraných vnútorných chorôb a oblasť nepriaznivých vplyvov životného a pracovného prostredia. Súčasťou výskumu fakulty sú aj projekty ako napr. Možnosti predikcie restenózy a trombózy stentu u pacientov s akútnym koronárnym syndrómom po perkutánnej koronárnej intervenci, alebo Nové metódy analýzy variability srdcovej frekvencie plodu.

Štruktúru tvoria ústavy - Teoretické ústavy : Anatomický ústav, Ústav cudzích jazykov, Ústav fyziológie, Ústav histológie a embryológie, Ústav lekárskej biofyziky, Ústav lekárskej biochémie, Ústav lekárskej biológie, Ústav molekulovej biológie, Ústav telesnej výchovy. Medzi predklinické ústavy patrí Ústav farmakológie, Ústav mikrobiológie a imunológie, Ústav patologickej fyziológie, Ústav verejného zdravotníctva. Medzi nelekárske ústavy patrí Ústav ošetrovateľstva a Ústav nelekárskych štud. programov.