Výskum fakulty by sme mohli rozdeliť do troch oblastí.

1. informatika - počítačová grafika, spracovanie obrazu, vizualizácia viacrozmerných dát, spracovanie medicínskych dát, robotické aplikácie, aplikácie spracovania reči, neuronových sietí, kognitívnych vied, systém automatického dokazovania, výučbové programy, atď.,

2. matematika - využitie CABRI geometrie vo vyučovaní, vývoj Webovskej prezentácie virtuálnej Bratislavy, ekonomická a finančná matematika, finančné aplikácie, poistná matematika, komerčné poistenie (životné a neživotné), zdravotné poistenie, dôchodky a nový dôchodkový systém, matematická štatistika a pravdepodobnosť verzus biológia, medicína, ekonómia, počítače - aplikácie do všetkých sfér života, atď. a

3. fyzika - povrchová plazma, holografia, mikroskopy, detekcia radioaktívneho žiarenia, gama spektrometria, biosenzory, environmentálne laboratórium, predpoveď počasia pomocou počítačových simulácií, nanotechnológie, kvantové počítače, seizmológia a fyzika zeme­trasení, e-learning, atď.

Štruktútu fakulty tvoria katedry - Matematické katedry - Katedra algebry, geometrie a didaktiky matematiky, Katedra aplikovanej matematiky a štatistiky, Katedra matematickej analýzy a numerickej matematiky. Fyzikálne katedry - Katedra astronómie, fyziky Zeme a meteorológie, Katedra experimentálnej fyziky, Katedra jadrovej fyziky a biofyziky, Katedra teoretickej fyziky a didaktiky fyziky. Informatické katedry - Katedra aplikovanej informatiky, Katedra informatiky, Katedra základov a vyučovania informatiky. Podporné katedry - Katedra jazykovej prípravy a Katedra telesnej výchovy a športu.