Štruktúru fakulty tvorí 11 pracovísk.

Sú to Ústav aplikovanej mechaniky a mechatroniky, Ústav automatizácie, merania a aplikovanej informatiky, Ústav dopravnej techniky a konštruovania, Ústav matematiky a fyziky, Ústav chemických a hydraulických strojov a zariadení, Ústav technológií a materiálov, Ústav tepelnej energetiky, Ústav výrobných systémov, environmentálnej techniky a manažmentu kvality, Centrum jazykov a športu, Centrum inovácií, Výpočtové a informačne stredisko. Fakulta vydáva časopisy KOVOVÉ MATERIÁLY a STROJNÍCKY ČASOPIS.