Štruktúru fakty tvorí šesť katedier.

Sú to tieto katedry: Katedra aerodynamiky a simulácií, Katedra avioniky, Katedra leteckého inžinierstva, Katedra leteckej technickej prípravy, Katedra letovej prípravy, Katedra manažmentu leteckej prevádzky.

Vedecko-výskumná činnosť Leteckej fakulty v Košiciach je zameraná predovšetkým na: výskum a vývoj nanotechnológií vo výrobe a renovácii častí leteckej techniky, modelovanie a simulácie v letectve, leteckú a priemyselnú elektroniku, senzoriku a diagnostiku, výskum a vývoj metód riadenia a zabezpečenia leteckej prevádzky, prevádzky lietadiel a letísk, moderné vzdelávacie a výcvikové techniky a technológie v letectve, podiel na medzinárodnej unifikácii a certifikácii leteckého vzdelávania. Súčasťou výskumu sú aj projekty ako Centrum výskumu účinnosti integrácie kombinovaných systémov obnoviteľných zdrojov energií či Integrácia algoritmov automatického riadenia letu a riadenia leteckých turbokompresorových motorov.