Fakulta orientuje vedecko-výskumnú činnosť na riešenie problémov technológie dopravných a spojových procesov, dopravnej techniky a ekonomiky dopravy a spojov.

Teoretický a experimentálny výskum je zameraný na riešenie predovšetkým týchto problémov: dopravnej a spojovej politiky a identifikovania spoločensky optimálnej úrovne dopravných a spojových systémov, efektívnosti a kvality v doprave a spojoch, tvorby systémov hromadnej dopravy a hodnotenia hromadnej cestnej a mestskej osobnej dopravy, interakcie dopytu a ponuky v doprave, pošte, telekomunikáciách, informačných sieťach vo väzbe na trhovú štruktúru a štruktúru hospodárstva, atď.

Súčasťou výskumu sú projekty ako napr. DIALOGUE - Bridge between Research and Practice in ULLI, EIMIS - European Inter - Modal Information System Európsky informačný systém pre intermodálnu prepravu.

Organizačnú štruktúru tvoria Katedra cestnej a mestskej dopravy, Katedra ekonomiky, Katedra kvantitatívnych metód a hospodárskej informatiky, Katedra leteckej dopravy, Katedra spojov, Katedra vodnej dopravy, Katedra železničnej dopravy.

Vydáva internetový časopis Doprava a spoje.