Koncepcia muzikológie na Univerzite Komenského je ovplyvnená najmä myšlienkami Jozefa Kresánka a Oskára Elscheka, slovenských muzikológov medzinárodného formátu.

Pozornosť sa tu venuje všetkým trom základným oblastiam odboru: dejinám hudby, etnomuzikológii (teórii ľudovej a tradičnej hudby) a systematickej hudobnej vede (zahŕňajúcej hudobnú teóriu, estetiku, psychológiu, akustiku a viacero ďalších oblastí).