Súčasťou fakulty je Centrum excelentnosti pre spoločenské inovácie Univerzity Komenského (CESIUK).

Centrum bolo budované v rámci projektu Globálne a lokálne procesy na Slovensku: rozvoj spoločenských inovácií v podmienkach internacionalizácie Európskej únie.

Organizačnú štruktúru tvoria - Katedra andragogiky, Katedra anglistiky a amerikanistiky, Katedra archeológie, Katedra archívnictva a pomocných vied historických, Katedra dejín výtvarného umenia, Katedra estetiky, Katedra etnológie a kultúrnej antropológie, Katedra filozofie a dejín filozofie, Katedra germanistiky, nederlandistiky a škandinavistiky, Katedra hudobnej vedy, Katedra jazykov, Katedra klasickej a semitskej filológie, Katedra knižničnej a informačnej vedy, Katedra kulturológie, Katedra logiky a metodológie vied, Katedra maďarského jazyka a literatúry, Katedra marketingovej komunikácie, Katedra pedagogiky, Katedra politológie, Katedra porovnávacej religionistiky , Katedra psychológie, Katedra romanistiky, Katedra ruského jazyka a literatúry, Katedra slovanských filológií, Katedra slovenských dejín, Katedra slovenského jazyka, Katedra slovenskej literatúry a literárnej vedy, Katedra sociológie, Katedra všeobecných dejín, Katedra východoázijských štúdií, Katedra žurnalistiky, Stredisko telovýchovných voľnočasových aktivít, Studia Academica Slovaca - centrum pre slovenčinu ako cudzí jazyk, Tlmočnícky ústav.