Farmakognózia vo výskumnom programe vychádza z prírodných surovín (drog, čerstvých rastlín, rastlinných a živočíšnych produktov), skúša a izoluje ich biologicky aktívne látky, stanovuje ich štruktúru, zaoberá sa zákonitosťami ich tvorby a významom v kontexte živej prírody.

Ďalej sa zaoberá anatomicko - morfologickým hodnotením v praxi významných drog. Oddelenie botaniky a farmakoergázie vo výskumnej práci sleduje účinky exogénnych faktorov na liečivé rastliny.