Organizačnú štruktúru fakulty tvoria - Katedra fyzikálnej chémie liečiv, Katedra farmaceutickej analýzy a nukleárnej farmácie, Katedra chemickej teórie liečiv, Katedra bunkovej a molekulárnej biológie liečiv, Katedra farmaceutickej chémie, Katedra farmakológie a toxikológie, Katedra farmakognózie a botaniky, Katedra galenickej farmácie, Katedra organizácie a riadenia farmácie, Katedra jazykov, Katedra telesnej výchovy a športu. Predmetom činnosti fakulty sú aj projekty ako Úloha cholinergného systému pre normálny vývoj organizmu a fyziologické funkcie či Vplyv farmakologického ovplyvnenia mobility kmeňových buniek a systému CXCL12/CXCR4 pri experimentálnom srdcovom zlyhaní.