Vedeckovýskumná činnosť sa zameriava na optimalizáciu fyzikálno-chemických a biologických faktorov významných pre zvyšovanie výživovej a senzorickej hodnoty potravín. Zahrňuje štúdium podmienok rozvoja potravinársky dôležitých mikroorganizmov, štúdium dynamiky chemickej skladby a výživovej hodnoty potravín a rozvoj a aplikáciu analytických a ďalších metód využívaných pri hodnotení potravín.

Výskumná činnosť je tiež úzko spätá s riešením vedeckých projektov ako napr. Hodnotenie prírodných látok a ich výber pre prevenciu a liečbu civilizačných ochorení, Rozšírenie vedeckých poznatkov o kvalite a bezpečnosti Slovenskej bryndze modernými mikrobiologickými, molekulárno-biologickými a chromatografickými metódami či Chemické, biologické a inžinierske aspekty výskumu a prípravy cereálnych výrobkov so zdraviuporospešnými vlastnosťami a predĺženou trvanivosťou.