Katedra mikrobiológie a imunológie bola ustanovená v roku 2007 z Ústavu mikrobiológie a imunológie, Katedry hygieny a technológie potravín.

Katedra mikrobiológie a imunológie sa člení na dva ústavy: Ústav mikrobiológie a gnotobiológie a Ústav imunológie. Súčasťou týchto ústavov sú dve laboratóriá: Laboratórium gnotobiológie a Laboratórium biomedicínskej mikrobiológie a imunológie.

Katedra mikrobiológie a imunológie zabezpečuje vedecko-výskumnú a pedagogickú činnosť týkajúcu sa štúdia vlastností medicínsky významných mikroorganizmov vo vzťahu k imunitnému systému, diagnostike a prevencie infekčných chorôb.