Výskumný smer bol založený v roku 1985.

Minerálne biotechnológie zahŕňajú všetky technologické, ťažobné, úpravnícke a spracovateľské postupy v ktorých sa pre dosiahnutie potrebných kvalitatívnych zmien anorganických, ale aj organických nerastných surovín a ich odpadov využívajú mikroorganizmy, alebo produkty ich metabolizmu. Základnou bázou minerálnych biotechnológií sú environmentálne súvzťažné, cyklické, biologicko-chemické deje prebiehajúce v kontakte neživých a živých sústav biosféry, t.j. minerálov - surovín - hornín a autochtónnych mikroorganizmov.

Oddelenie v súčastnosti rieši tieto projekty: Centrum excelentnosti pre integrovaný výskum geosféry Zeme, APVV projekt Vývoj vyspelých technológií pre odstraňovanie anorganických polutantov z vôd, VEGA projekty Stimulácia biochemických procesov úpravy surovín a odpadov a projekt Štúdium pozitívnych a negatívnych vplyvov sulfureta v životnom prostredí a v priemysle.

V prípade záujmu o spoluprácu, kontaktujte Kanceláriu pre transfer technológií, poznatkov a ochranu duševného vlastníctva Slovenskej akadémie vied.