Prírodovedecká fakulta je významnou vedeckou inštitúciou.

Dosiahla výsledky vo všetkých prírodovedeckých odboroch ako biológia, fyzika, chémia, informatika a matematika, ktoré sa študujú buď samostatne alebo v učiteľských aprobáciách. Prioritnou úlohou fakulty vo vedeckovýskumnej činnosti je podpora grantovej úspešnosti, posilnenie interdisciplinárneho a multidisciplinárneho charakteru vedy a výskumu a rozšírenie medzinárodnej spolupráce, predovšetkým zaspojením sa do európskych vedeckých a vedeckotechnických projektov.

Medzi tieto projekty patria aj Extrem – Centrum pokročilých fyzikálnych štúdií materiálov v extrémnych podmienkach či CaKS - Centrum excelentnosti informatických vied a znalostných systémov. Śtruktúru fakulty tvoria Ústav biologických a ekologických vied, Ústav fyzikálnych vied, Ústav chemických vied, Ústav informatiky, Ústav geografie, Ústav matematických vied.