Štruktúru fakulty tvorí až 21 pracovísk.

Sú to Katedra betónových konštrukcií a mostov, Katedra dopravných stavieb, Katedra geodetických základov, Katedra geodézie, Katedra geotechniky, Katedra vodného hospodárstva krajiny, Katedra hydrotechniky, Katedra konštrukcií pozemných stavieb, Katedra kovových a drevených konštrukcií, Katedra mapovania a pozemkových úprav, Katedra matematiky a deskriptívnej geometrie, Katedra fyziky, Katedra stavebnej mechaniky, Katedra materiálového inžinierstva, Katedra technológie stavieb, Katedra zdravotného a environmentálneho inžinierstva, Katedra technických zariadení budov, Katedra jazykov, Katedra telesnej výchovy, Katedra humanitných vied, Katedra architektúry, Ústav súdneho znalectva.