Botanický výskum cievnatých rastlín sa sústreďuje aktuálne na dva rody: Onosma – rumenica a Taraxacum – púpava.

V rode Onosma je výskum zameraný na štúdium taxonómie skupiny „Asterotricha“ a na štúdium evolúcie genómu, diferenciácie taxónov a hybridizácie v skupinách Onosma arenaria s. l. a Onosma pseudoarenaria s. l. V rode Taraxacum s polupráci s Botanickou záhradou UPJŠ sa výskum orientuje na štúdium mikroevolučných procesov a génového toku v sekciách Ruderalia a Erythrosperma. Rastlinná fyziológia sa orientuje na štúdium mechanizmov tolerancie lišajníkov a liečivých rastlín na ťažké kovy a na sekundárny metabolizmus, najmä v podmienkach abiotického stresu. V rode Trifolium – ďatelina sa výskum sústreďuje na topografickú analýzu endopolyploidie v rôznych orgánoch vybraných druhov a na štúdium endopolyploidie počas ontogenézy rastlín, ako aj na štúdium vzťahu medzi endopolyploidiou a veľkosťou genómu.

Súčasťou výskumu Katedry sú aj projekty ako Mikroevolučné procesy v čeľadi Asteraceae či Modifikácia ionómu rastlín kremíkom pre zlepšenie nutričnej kvality plodín.