Počiatky vysokoškolského štúdia histórie v Prešove sa datujú do roku 1952.

Inštitút histórie sa organizačne člení na štyri katedry: Katedru archívnictva a pomocných vied historických, Katedru najstarších, stredovekých a ranonovovekých dejín, Katedru novovekých a najnovších všeobecných dejín a Katedru novovekých a najnovších slovenských dejín.

Inštitút vydáva časopisy Dejiny a Annales historici presovienses.