Ústav mikrobiológie a gnotobiológie rieši výskumné úlohy na báze domácich a medznárodných projektov a grantov týkajúce sa bakteriálnych a vírusových patogénov zvierat ich diagnostiky a prevencie, z ktorých niektoré majú charakter zoonóz (zástupcovia rodov Salmonella a Escherichia)

Významnou súčasťou činností na pracovisku sú aj práce súvisiace s geneticky modifikovanými organizmami, prípravou DNA vakcín a mikrobiálnymi patogénmi v rámci Pracoviska analýzy DNA. V bunkovom laboratóriu sa okrem izolácie a kultivácie vírusov (BVD vírus, prasačí cirkovírus PCV2) riešia výskumné úlohy súvisiace s in vitro štúdiom pôsobenia environmentálnych faktorov na bunky rôznych druhov zvierat a orgánových systémov.