V roku 1997 vznikla na báze prešovských fakúlt Univerzity P. J. Šafárika samostatná Prešovská univerzita.

Mala päť zakladajúcich fakúlt - filozofickú, pedagogickú, humanitných a prírodných vied, gréckokatolícku bohosloveckú, a pravoslávnu bohosloveckú fakultu. V roku 2002 k nim pribudla Fakulta zdravotníctva a v roku 2004 Fakulta manažmentu a Fakulta športu. Súčasťou výskumnej činnosti fakulty sú aj projekty ako napríklad Fonetická a pragmatická analýza mediálnej reprezentácie reči v troch jazykových mutáciách - anglickej, nemeckej, slovenskej či Ženy v sociálnej práci : Teórie, metódy a osobnosti v dejinách sociálnej práce.