Fakulta prírodných vied sa stala významnou súčasťou novozaloženej univerzity sv. Cyrila a Metoda hneď po jej konštituovaní 1. augusta 1997.

Hlavným cieľom fakulty sa stala výchovno-vzdelávacia činnosť zameraná na prípravu kvalifikovaných odborníkov v nasledujúcich oblastiach - aplikovaná informatika, aplikovaná chémia a biochémia, aplikovaná biológia, aplikovaná analytická a bioanalytická chémia, biotechnológie, enviromentalistika a remediačné technológie. Fakulta prírodných vied pravidelne vydáva publikácie Nova Biotechnologica, Jamsi a JIT.

Štruktúru fakulty tvoria Katedra aplikovanej informatiky a matematiky, Katedra chémie, Katedra biotechnológie, Katedra ekochémie a rádioekológie, Katedra anglického jazyka.