Samostatný Ústav mikrobiológie vznikol dňa 18. júna 1949.

V súčasnom období sa ústav venuje sledovaniu výskytu meticilín rezistentných kmeňov stafylokokov u pacientov s rôznymi ochoreniami a sledovaniu ich faktorov virulencie v súvise s určitými ochoreniami. Ide o stafylokoky izolované od pacientov vo FN.