Oddelenie biochémie a mikrobiológie nadväzuje svojou činnosťou na Katedru biochémie a mikrobiológie (od roku 2006).

Výskumná aktivita oddelenia sa sústreďuje na biochémiu a molekulárnu  genetiku vláknitých húb a ich metabolizmus, na biochémiu živočíšnych buniek, na biochemické aspekty nádorových ochorení ako aj na sledovanie účinkov biologicky aktívnych látok prírodného a syntetického pôvodu na celulárnej a subcelulárnej úrovni.

Súčasťou výskumnej aktivity sú tiež projekty ako ABC transportné proteíny v mnohonásobnej rezistencii kvasiniek a fyziológii vláknitých húb, Výskum biotechnológií v spolupráci s akademickou sférou či Molekulárne mechanizmy tvorby extracelulárnych proteáz vláknitou hubou Trichoderma viride.