Katedra aplikovanej ekológie - predtým Katedra krajinnej ekológie - vznikla v roku 1991 ešte ako súčasť Lesníckej fakulty Vysokej školy lesníckej a drevárskej vo Zvolene.

Popri problematike ekológie krajiny a jej ekosystémov v biosférických rezerváciách Slovenska sa táto katedra venuje výskumu ekologickej stability lesných ekosystémov, posudzovaniu vybraných antropogénnych vplyvov a stanoveniu kritických limitov v lesných ekosystémoch, ochrane prírody vo veľkoplošných a maloplošných chránených územiach SR, hydrickým a vodohospodárskym funkciám lesa, ekológii trvalých trávnych porastov, ekologickej únosnosti územia (krajiny) z hľadiska jeho možnej zaťažiteľnosti jednotlivými aktivitami človeka teda, z hľadiska trvalo udržateľného rozvoja, resp. života, štruktúrou zoocenóz a vzájomnými vzťahmi vybraných organizmov v rôznych typoch krajiny ako aj vzhľadom na využívanie prírodného prostredia človekom.

Súčasťou výskumnej činnosti katedry je aj riešenie vedeckých projektov sko Biotické indikátory a antropogénne zmeny v krajine (vedecký projekt VEGA).