Ústav je zameraný na riešenie aktuálnych problémov ekonomicky a zdravotne závažných parazitov a parazitárnych chorôb domácich a voľne žijúcich zvierat v ekologických podmienkach Slovenska ako aj v krajinách s podobnými klimaticko geografickými podmienkami.

Priority Ústavu parazitológie na úseku vedecko-výskumnej činnosti sú definované nasledovne:
V oblasti protozoológie: Pokračovať v skúmaní patogénnych druhov eimérií pernatej zveri – bažanta poľovného (Phasianus colchicus) a jarabice poľnej (Pedix perdix) chovaných vo farmových chovoch.
V oblasti helmintológie: Epidemiologickú a epizootologickú analýzu filarióz mäsožravcov na Slovensku.
V oblasti arachnoentomológie: Identifikovanie zmien arachno-entomofauny s dôrazom na diagnostiku hematofágnych artropódov vo vzťahu k celkovým globalizačným zmenám. Surveillance potenciálnych vektorov transmisívnych infekcií z typických tropických endemických oblastí.