Ústav farmakológie je vo svojej vedeckovýskumnej činnosti zameraný na problematiku farmakológie liečiv, terapeutických prípravkov a ich rezíduí v organizme zvierat.

Orientuje sa na riešenie úloh farmaceuticko-farmakologickej a klinickej oblasti. Aktuálne, v rámci výskumných projektov, sa rieši problematika účinnosti antimykotík (konvenčných a novších molekúl) a prírodných látok na patogénne zoofilné mikromycéty. Výsledky týchto štúdií sú priebežne publikované v domácich i zahraničných vedeckých a odborných časopisoch.