Ústav toxikológie rieši výskumné úlohy na báze domácich a medzinárodných projektov a grantov týkajúcich sa nežiaducich účinkov pesticídov, ale aj iných xenobiotík na organizmus hospodárskych, domácich a voľne žijúcich zvierat.

Z etických dôvodov je v popredí obmedzenie testácie u stavovcov, použitie nezvieracích modelov a in vitro testov u cicavčích buniek. Taktiež je sledovaná toxickosť vybraných xenobiotík u vodných organizmov Artemia franciscana a u parazitov Ascaris suum.