Vedecko-výskumná činnosť ústavu je zameraná predovšetkým na štúdium polymorfizmov v génoch, ktoré môžu ovplyvniť imunitnú odpoveď organizmu, ako aj na štúdium faktorov virulencie rôznych infekčných agensov. Na Oddelení imunológie boli alebo sú riešené grantové úlohy zamerané na štúdium polymorfizmu v PrP géne oviec a HD, štúdium polymorfizmu v TLR a MHC génoch oviec a HD a štúdium faktorov virulencie Listeria monocytogenes, Streptococcus agalactiae, Staphylococcus aureus, Burkholderia cepacia ako aj Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis. Bola štandardizovaná DGGE metodika detekcie bodových mutácii v PrP géne.