Ústav patologickej anatómie orientuje vedecký výskum na - štúdium systémovej a lokálnej imunitnej odpovede u hydiny po infekcii Eimeria spp., využitie PCR metódy pri klasifikácii eimérií, sledovanie systémovej a lokálnej imunity po infekcii baktériami Salmonella spp., využitie probioticky pôsobiacej mikroflóry a fytoaditív v prevencii salmonelózy, štúdium morfologických zmien u prasiat a kurčiat pri syndróme zaostávania v raste v terénnych a experimentálnych podmienkach, morfologické štúdium lymfatických uzlín a ďalších tkanív u vtákov a cicavcov, možnosti využitia imunocytochemických techník v diagnostike nádorových ochorení.