Vedecko-výskumná činnosť Ústavu patologickej fyziológie je orientovaná na štúdium vplyvu biologicky aktívnych látok v éterických olejoch na funkcie v organizme.

Študuje vlastnosti éterických olejov a ich schopnosti ovplyvňovať intermediárny metabolizmus, enzymatické systémy zúčastňujúce sa na degradácii a detoxikácii látok, ako aj ich účinok na hemopoézu. V ďalšej vedeckej činnosti sa ústav zaoberá riešením problematiky črevného hlienu, jeho hodnotením z hľadiska kvantitatívneho aj kvalitatívneho vo vzťahu k účinku éterických olejov, črevnej infekcie, vplyvu probiotík a výživy.