Ústav hygieny zvierat a životného prostredia zameriava svoje oblasti výskumu na: riešenie otázok ochrany životného prostredia za účelom trvalo udržateľného rozvoja a verejného zdravia, uplatnenie asanačných prác vrátane dezinfekcie, dezinsekcie a deratizácie v rámci preventívnych a represívnych opatrení pri využití postupov a metód zameraných na zvýšenie účinnosti a minimalizácie negatívnych vplyvov na životné prostredie, sledovanie čistiaceho procesu mestských odpadových vôd a vôd z kaliférie a možnosti zvýšenia efektívnosti čistiaceho procesu za účelom zníženia eutrofizácie v recipiente, uplatnenie efektívnych technológií pri spracovaní a ošetrení exkrementov hospodárskych zvierat a ich asanáciu s uplatnením zásad správnej poľnohospodárskej praxe, ochranU vodných zdrojov v objektoch živočíšnej výroby s využitím vhodných spôsobov úpravy a dezinfekcie, atď.