Náplňou Gemologického ústavu je poskytovať vysokoškolské vzdelanie v geologických vedách, pričom vlastnou vedeckou a výskumnou činnosťou uchováva, pestuje, prehlbuje a rozširuje dosiahnuté poznanie týchto vied, vrátane ich didaktiky a využití v ďalších vedách.

Prioritné oblasti výskumu: overovanie známych výskytov za účelom možného prezentovania v oblasti šperkových materiálov na Slovensku, vyhľadávanie nových zdrojov prírodných šperkových materiálov na Slovensku, overovanie kvality získaných prírodných šperkových materiálov v rámci Slovenska, technologické postupy pri spracovaní uvedených materiálov, overovanie výskytu, kvality a technológie spracovania obsidiánov Slovenska, pre oblasť šperkovej a dekoratívnej tvorby, analýzy syntetických materiálov určených pre oblasť šperkovej tvorby, petroarcheologické analýzy kamenných artefaktov a zistenia ich proveniencie, archeogemologické analýzy v spolupráci s AÚ SAV a múzeami, publikovanie vedeckých a odborných prác, učebných textov a metodických príručiek.