Inštitút filozofie vznikol 1.1. 2014 rozdelením pôvodného Inštitútu filozofie a etiky, pracoviska s vyše päťdesiatročnou históriou.

V súčasnosti sústreďuje pozornosť na výskum v oblasti  filozofie v medzinárodných i národných súvislostiach - konkrétnejšie ide o tieto hlavné okruhy záujmu:

• dejiny filozofie na Slovensku a v Čechách
• tematizácia antropologických otázok v dejinách filozofie a reformulácia antropologickej otázky v súčasnej filozofii
• hľadanie prienikov a súvislostí filozofického dedičstva Kanta v súčasnosti
• analýza a výskum antickej filozofie a  reflexia sokratovskej tradície od antiky až po súčasnosť, miesto kynizmu v sokratike
• axiologická reflexia statusu vedy  vo filozofickej reflexii a v súčasnej kultúre
• výskum slovanstva a mesianizmu a ich filozofické, teologické, politologické a literárno-historické reflexie na Slovensku v dejinách a v súčasnosti.

Súčasťou výskumnej činnosti inštitútu je aj riešenie vedeckých projektov ako napríklad projekt Filozofické dedičstvo I. Kanta a súčasnosť IV. Philosophia et res publica.

Od roku 2012 vychádza na Inštitúte filozofie vedecký časopis Studia Philosophica Kantiana.