Katedra podnikových financií vznikla v roku 1991, kedy sa jednotná Katedra financií s celoškolskou pôsobnosťou rozdelila na tri katedry, a to na Katedru verejných financií, Katedru peňažníctva a Katedru podnikových financií.

Katedra rieši niekoľko vedeckých projektov ako napríklad Dopad globálnej ekonomiky a vplyv konsolidácie verejných financií na finančné riadenie podnikateľských subjektov pôsobiacich v SR, Vplyv medzinárodného zdanenia a domáceho daňového systému na rozvoj podnikateľskej sféry SR či Aktuálne trendy a metódy vo finančnom riadení podnikov a ich vplyv na finančnú stabilitu podniku.