Katedra sa vo svojej vedecko – výskumnej činnosti zaoberajú nasledovnými problematikami:

• Histologická a histochemická analýza svalového tkaniva rôznych druhov zvierat vo vzťahu ku štruktúre jatočného tela, kvalite mäsa a k výkrmovým ukazovateľom. Štúdium vplyvov vybraných vonkajších činiteľov (syntetický zvuk, ultrazvuk, magnetické pole, žiarenie, zloženie ovzdušia) na embryonálny a postembryonálny vývoj vtákov a ošípaných.
• Morfologické porovnávanie rôznych modelov osteoartrózy u králikov. Kraniologická analýza lebiek srnčej zveri v súvislosti s regiónom, vekom a obsahom ťažkých kovov.
• Histologická a histochemická analýza zmien tkanív so zameraním na morfometrické parametre jednotlivých štruktúr orgánov, hodnotenie vplyvu toxických a rizikových prvkov, pesticídov a iných toxických látok na reprodukčné parametre zvierat i ľudí.
• Hodnotenie vplyvu biologicky účinných prirodzených zložiek rastlín na funkcie a stavbu tkanív a orgánov.
• Zlepšovanie životných podmienok zvierat s dôrazom na ich biologické potreby, eliminácie stresorov, udržania zdravia a welfare a produkcie zdravotne bezpečných produktov v prvovýrobe mlieka kráv a bahníc.
• Vplyv ustajňovacích podmienok na produkčné parametre ošípaných a vplyvom predporážkových faktorov na kvalitu mäsa ošípaných.  
• Monitoring a analýza populácie národných plemien hydiny - slovenská hus, suchovská hus a oravka.
• Poruchy reprodukcie hovädzieho dobytka a ošípaných vírusového pôvodu (bovinná vírusová diarhoe BVDV a reprodukčný a respiračný syndrom ošípaných -PRRS) a bakteriálneho pôvodu (reprodukčná forma hemofilovej infekcie spôsobená mikroorganizmom Haemophilus somnus).
• Prevencia puerperálnych zápalových procesov kráv a prasníc s vylúčením antibiotických a chemoterapeutických preparátov.
• Tepelný stres a poruchy reprodukcie kráv a jalovíc.