História Prírodovedeckej fakulty Univerzity Komenského sa začala písať už v roku 1940, kedy sa na vtedajšej Slovenskej univerzite vytvorila Prírodovedecká fakulta.

Samotná fakulta je rozdelená do piatich sekcií:

Biologická sekcia - tú tvoria Katedra antropológie, Katedra botaniky, Katedra fyziológie rastlín, Katedra genetiky, Katedra mikrobiológie a virológie, Katedra molekulárnej biológie, Katedra zoológie, Katedra živočíšnej fyziológie a etológie, Ústav bunkovej biológie a biotechnológie, Katedra ekológie, Biologická stanica Šúr.

Environmentálna sekcia - Katedra environmentálnej ekológie, Katedra geochémie, Katedra krajinnej ekológie a Katedra pedológie. Sekcia vydáva časopis Acta Environmentalica Universitatis Comenianae.

Chemická sekcia - Katedra analytickej chémie, Katedra anorganickej chémie, Katedra biochémie, Katedra fyzikálnej a teoretickej chémie, Katedra jadrovej chémie, Katedra organickej chémie a Chemický ústav.

Geologická sekcia - Katedra aplikovanej a environmentálnej geofyziky, Katedra geológie a paleontológie, Katedra hydrogeológie, Katedra inžinierskej geológie, Katedra ložiskovej geológie, Katedra mineralógie a petrológie a Ústav laboratórneho výskumu geomateriálov.

Geografická sekcia - tvoria Katedra fyzickej geografie a geoekológie, Katedra humánnej geografie a demografie, Katedra kartografie, geoinformatiky a diaľkového prieskumu zeme a Katedra regionálnej geografie, ochrany a plánovania krajiny. Medzi najvýznamnejšie projekty fakulty patrí program Tempus.