Štruktúru fakulty tvorí desať pracovísk.

Sú to tieto pracoviská: Katedra filozofie, Katedra systematickej teológie, Katedra histórie a biblických vied, Katedra edukačných vied, Katedra praktickej teológie, Katedra sociálnej práce, Teologický inštitút Spišská Kapitula, Inštitút rodiny Bratislava, Liturgický inštitút, Centrum excelentnosti TF KU - pracovisko pre dialóg. Výskumná činnosť fakulty spočíva okrem výskumu aj v riešený národných i medzinárodných projektov ako napríklad On What There Is: Varieties of Realism and Their Influence on Science-Religion Dialog.