Výuka na fakulte sleduje najnovšie trendy vo všetkých vyučovaných vedných disciplínach.

Opiera sa aj o skúsenosti nadobudnuté viacerými reformovanými a protestantskými teologickými fakultami doma i v zahraničí, najmä však o duchovné dedičstvo Teologického seminára v Lučenci (1924-1939) a Teologického inštitútu J. Calvina v Komárne (1994-2004), o teologické programy Evanjelickej teologickej fakulty Univerzity Karlovej v Prahe, kde v rokoch 1950 –1990 študovala väčšina duchovných, ako aj o študijné programy domácej sesterskej Evanjelickej bohosloveckej fakulty Univerzity Komenského v Bratislave, kde tiež študovalo viacero duchovných. Tak ako aj iné sesterské ustanovizne, okrem biblických vied, dogmatiky a etiky, cirkevných dejíj a disciplín praktickej teológie, vyučuje fakulta aj religionistiku, dejiny filozofie a cudzie jazyky: angličtinu a nemčinu, latinčinu, biblickú gréčtinu a hebrejčinu. Fakulta participuje na viacerých medzinárodných programoch a je členkou rôznych zoskupení, ako napr. Zväzu holandských, stredoeurópskych a východoeurópskych teologických fakúlt, Zoskupenia stredoeurópskych a východoeurópskych teologických fakúlt (SOMEF), Coetus Theologorum, v ktorom sú zastúpené všetky reformované teologické fakulty z Rumunska, Maďarska a Slovenska. Štruktúru fakulty tvoria Katedra Starého zákona, Katedra Nového zákona, Katedra systematickej teológie, Katedra cirkevných dejín, Katedra religionistiky a filozofie, Katedra praktickej teológie, Katedra katechetiky.