Na fakulte sú zriadené tieto katedry: Katedra podnikovohospodárska, Katedra manažmentu, Katedra podnikových financií, Katedra manažmentu výroby a logistiky a Katedra informačného manažmentu.

Pôvodná orientácia fakulty na riadenie priemyslu a poľnohospodárstva sa postupne rozšírila a v súčasnosti je výchovnovzdelávacia a vedecko-výskumná činnosť Fakulty podnikového manažmentu orientovaná na manažment všetkých typov a veľkostí podnikov.

Súčasťou výskumnej činnosti sú aj projekty ako napríklad Celostná manažérska kompetentnosť – potreba, prístupy a metódy jej ohodnocovania či Nové trendy v medzinárodnom zdanení a ich vplyv na zdanenie podnikateľskej sféry.

Vydáva vedecký časopis Ekonomika a manažment.