Organizačne sa ústav člení na dve oddelenia, ktoré kopírujú pôvodné katedry – Oddelenie fluidného inžinierstva a Oddelenie procesného inžinierstva.

Vedecko-výskumná činnosť ústavu sa realizuje v dvoch hlavných oblastiach. V oblasti procesnej techniky je to štúdium prúdenia, tokov a spracovania stlačiteľných tekutých zmesí, mechanika partikulárnych látok a procesy ich spracovania, odlučovanie a odvodňovanie zmesí filtráciou a lisovaním, intenzifikácia prestupu tepla a látky v zariadeniach a hydromechanika cirkulačných bioreaktorov. V oblasti hydrauliky je to výskum prúdenia v prietočnom priestore vodných turbín, základný výskum prúdového procesu v hydrodynamických a hydrostatických čerpadlách, výskum vlastností prvkov hydraulických mechanizmov a optimalizácia prvkov hydrostatických systémov, vývoj modelov neizotermického prúdenia v zložitých potrubných sieťach a  výskum kavitácie v kvapalinokružných vývevách.

Súčasťou výskumu ústavu sú aj projekty ako Znižovanie energetickej náročnosti sústav aplikáciou nových modelov tvorby hydrtátov.