Inštitút germanistiky má svoje korene v Ústave cudzích jazykov pri Katedre slovenského jazyka a literatúry FF UPJŠ, ktorý bol založený v roku 1959 s poslaním zabezpečovať vyučovanie ďalšieho živého jazyka na fakulte.

Organizačnú štruktúru tvorí Katedra nemeckého jazyka a literatúry.

V oblasti vedy a výskumu sa  inštitút zameriava na tieto aspekty: Literárna veda: švajčiarska po nemecky písaná literatúra od konca 19. storočia po súčasnosť, teória a dejiny kriminálnej literatúry, transtextualita, intermedialita a metafikcionalita, dejiny slovenskej literárnovednej germanistiky po roku 1945 so zameraním na recepciu švajčiarskej po nemecky     písanej literatúry, slovenská recepcia nemeckej literatúry 18. a 19. storočia, autorská rozprávka nemeckého romantizmu, hororové a strašidelné príbehy v nemeckej literatúre 18. a 19. storočia, súčasná švajčiarska po nemecky písaná literatúra, súčasná rakúska literatúra. Jazykoveda: komparatívna slovensko-nemecká derivatológia, pragmalingvistika, korpusová lingvistika, kontrastívny lingvistický výskum, slovesná valencia, sociolingvistika, textová lingvistika, odborný jazyk, didaktika a metodológia výučby nemeckého jazyka ako cudzieho jazyka. Translatológia: kognitívne vedy a translatológia, didaktika prekladu a tlmočenia, kritika umeleckého prekladu, konštituovanie translatológie ako samostatnej disciplíny, teória prekladu odborných textov, neurolingvistická paradigma pri výskume tlmočenia.