V oblasti vedecko-výskumnej činnosti sa pracovníci ústavu a doktorandi zameriavajú na riešenie aktuálnych problémov v oblasti právnych úprav veterinárnej starostlivosti, úradnej kontroly potravín a ochrany zvierat, v oblasti aplikácie relevantných právnych predpisov v praxi, Spoločnej poľnohospodárskej politiky EÚ, manažmentu a ekonomiky chovu hospodárskych zvierat.